Marius, que hasta lee el correo en emacs, tiene razón: es mucho mas comodo cuando la tecla Control está en el lugar de la que Bloq-Mayús, y META en el Alt de la izquierda.

La solución consiste en modificar los mapeos de teclas en el fichero $HOME/.Xmodmap. Ojo, que afecta a TODAS las X, no solo a emacs.

Después de probar varias combinaciones, la que funciona estaba aquí:

remove lock = Caps_Lock
add control = Caps_Lock

remove control = Control_L
add lock = Control_L